Passage des Pyrénées raconte une histoire de passages à travers la gare internationale de Canfranc, monument aux relations entre la France et l’Espagne, qui n’est plus aujourd’hui que le terminus de quelques trains espagnols.
Au long du film, on suit un « enquêteur » qui n’est autre que le réalisateur lui-même, qui tente de comprendre ce qu’est cette gigantesque gare, à moitié abandonnée, construite en pleine montagne. On pénètre avec lui dans la gare de Canfranc, à la recherche de tous les indices qui peuvent faire signe, à l’écoute de toutes les personnes qu’il croise et qui lui racontent leur histoire de la gare. On l’accompagne aussi d’un côté et de l’autre de la frontière, dans la vallée d’Aspe et dans le valle de Aragón, à la rencontre de Français et d’Espagnols, qui lui racontent d’autres histoires. Autant de fragments de l’Histoire de cette gare et de sa ligne de chemin de fer, qui mettent l’accent sur la relation entre la France et l’Espagne. Autant d’histoires qui à chaque fois viennent buter contre le bâtiment de la gare, cet « entre-deux », entre la France et l’Espagne.
Entre deux pays, entre deux origines, entre le moment où le réalisateur passe le seuil de cette gare et celui où il la quitte, Passage des Pyrénées est une histoire de traversées. Depuis la construction de la Transpyrénéenne Pau-Canfranc-Saragosse inaugurée en juillet 1928 et interrompue en mars 1970, en passant par celle de la famille du réalisateur par le Perthus en février 1939, jusqu’à celle effectuée, aujourd’hui, par le réalisateur dans cet « entre-deux » où, tout en cherchant à reconstruire l’histoire de la gare de Canfranc, il découvre le passage vers son origine.
Et, ce qui pourrait n’être qu’une simple enquête sur cette mystérieuse gare internationale se révèle, petit à petit, à travers la place que le réalisateur occupe dans le film, comme une aventure subjective.